Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CLIP3Q96DZ5 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CLIP3Q96DZ5 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CLIP3Q96DZ5 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms