Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CHD3Q12873 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CHD3Q12873 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
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