Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
MSH2P43246 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
MSH2P43246 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
MSH2P43246 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSH2P43246 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSH2P43246 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSH2P43246 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
MSH2P43246 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSH2P43246 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
MSH2P43246 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
MSH2P43246 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
MSH2P43246 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSH2P43246 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSH2P43246 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSH2P43246 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
MSH2P43246 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
MSH2P43246 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
MSH2P43246 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
MSH2P43246 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSH2P43246 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSH2P43246 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSH2P43246 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSH2P43246 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSH2P43246 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSH2P43246 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
MSH2P43246 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
MSH2P43246 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
MSH2P43246 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
MSH2P43246 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSH2P43246 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSH2P43246 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSH2P43246 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
MSH2P43246 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
MSH2P43246 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
MSH2P43246 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85 ms