Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
MSH3P20585 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
MSH3P20585 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.36
MSH3P20585 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
MSH3P20585 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
MSH3P20585 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH3P20585 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
MSH3P20585 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
MSH3P20585 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
MSH3P20585 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
MSH3P20585 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
MSH3P20585 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH3P20585 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH3P20585 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH3P20585 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
MSH3P20585 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
MSH3P20585 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH3P20585 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH3P20585 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH3P20585 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH3P20585 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
MSH3P20585 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
MSH3P20585 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
MSH3P20585 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
MSH3P20585 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms