Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
BRPF3Q9ULD4 PTPRA-201ENST00000216877 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC079781.5-202ENST00000641784 3743 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 GPSM1-202ENST00000354753 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 OLFM1-207ENST00000371801 568 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PELI2-201ENST00000267460 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms