RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000216877.10

PTPRA-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type A, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRA, Length 3,725 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRA-201ENST00000216877 NISCHQ9Y2I1 1504 aa27.95■■■□□ 2.06
PTPRA-201ENST00000216877 HRCP23327 699 aa24.71■■□□□ 1.55
PTPRA-201ENST00000216877 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP24.67■■□□□ 1.54
PTPRA-201ENST00000216877 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa24.62■■□□□ 1.53
PTPRA-201ENST00000216877 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP24.62■■□□□ 1.53
PTPRA-201ENST00000216877 PCGF6Q9BYE7 350 aa24.45■■□□□ 1.5
PTPRA-201ENST00000216877 DCAF8L2P0C7V8 631 aa24.1■■□□□ 1.45
PTPRA-201ENST00000216877 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP24■■□□□ 1.43
PTPRA-201ENST00000216877 MYT1Q01538 1121 aa23.83■■□□□ 1.4
PTPRA-201ENST00000216877 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP23.8■■□□□ 1.4
PTPRA-201ENST00000216877 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa23.7■■□□□ 1.38
PTPRA-201ENST00000216877 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP23.7■■□□□ 1.38
PTPRA-201ENST00000216877 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa23.4■■□□□ 1.34
PTPRA-201ENST00000216877 CHIC1Q5VXU3 224 aa23.16■■□□□ 1.3
PTPRA-201ENST00000216877 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa23.15■■□□□ 1.3
PTPRA-201ENST00000216877 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa23.11■■□□□ 1.29
PTPRA-201ENST00000216877 MYO15BQ96JP2 1530 aa23.11■■□□□ 1.29
PTPRA-201ENST00000216877 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP23.08■■□□□ 1.28
PTPRA-201ENST00000216877 NEUROD1Q13562 356 aa23.07■■□□□ 1.28
PTPRA-201ENST00000216877 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP23.05■■□□□ 1.28
PTPRA-201ENST00000216877 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP23.03■■□□□ 1.28
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PTPRA-201ENST00000216877 EHMT2Q96KQ7 1210 aa22.73■■□□□ 1.23
PTPRA-201ENST00000216877 UNC13AQ9UPW8 1703 aa22.64■■□□□ 1.21
PTPRA-201ENST00000216877 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP22.54■■□□□ 1.2
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PTPRA-201ENST00000216877 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP22.48■■□□□ 1.19
PTPRA-201ENST00000216877 NACADO15069 1562 aa22.47■■□□□ 1.19
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PTPRA-201ENST00000216877 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP22.27■■□□□ 1.16
PTPRA-201ENST00000216877 SCRIBQ14160 1630 aa22.16■■□□□ 1.14
PTPRA-201ENST00000216877 BICRAQ9NZM4 1560 aa22.07■■□□□ 1.12
PTPRA-201ENST00000216877 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRA-201ENST00000216877 ANP32EQ9BTT0 268 aa22.06■■□□□ 1.12
PTPRA-201ENST00000216877 CSRNP3Q8WYN3 585 aa21.97■■□□□ 1.11
PTPRA-201ENST00000216877 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP21.92■■□□□ 1.1
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PTPRA-201ENST00000216877 TRIM41Q8WV44 630 aa21.85■■□□□ 1.09
PTPRA-201ENST00000216877 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP21.81■■□□□ 1.08
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PTPRA-201ENST00000216877 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP21.74■■□□□ 1.07
PTPRA-201ENST00000216877 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa21.7■■□□□ 1.06
PTPRA-201ENST00000216877 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP21.65■■□□□ 1.06
PTPRA-201ENST00000216877 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP21.65■■□□□ 1.06
PTPRA-201ENST00000216877 CECR2Q9BXF3 1484 aa21.64■■□□□ 1.05
PTPRA-201ENST00000216877 MROH2BQ7Z745 1585 aa21.63■■□□□ 1.05
PTPRA-201ENST00000216877 PEG3Q9GZU2 1588 aa21.61■■□□□ 1.05
PTPRA-201ENST00000216877 WIZO95785 1651 aa21.58■■□□□ 1.05
PTPRA-201ENST00000216877 SMARCA4P51532 1647 aa21.55■■□□□ 1.04
PTPRA-201ENST00000216877 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP21.55■■□□□ 1.04
PTPRA-201ENST00000216877 ERICH6Q7L0X2 663 aa21.53■■□□□ 1.04
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PTPRA-201ENST00000216877 FKBP8Q14318 412 aa21.29■■□□□ 1
PTPRA-201ENST00000216877 ITGAEP38570 1179 aa21.28■■□□□ 1
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PTPRA-201ENST00000216877 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP21.23■□□□□ 0.99
PTPRA-201ENST00000216877 NEFLP07196 543 aa21.21■□□□□ 0.99
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PTPRA-201ENST00000216877 SMARCA2P51531 1590 aa21.19■□□□□ 0.98
PTPRA-201ENST00000216877 CLSPNQ9HAW4 1339 aa21.19■□□□□ 0.98
PTPRA-201ENST00000216877 CCDC136Q96JN2 1154 aa21.06■□□□□ 0.96
PTPRA-201ENST00000216877 DEKP35659 375 aaKnown RBP21.01■□□□□ 0.95
PTPRA-201ENST00000216877 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP20.98■□□□□ 0.95
PTPRA-201ENST00000216877 NBR1Q14596 966 aa20.98■□□□□ 0.95
PTPRA-201ENST00000216877 KCNH8Q96L42 1107 aa20.96■□□□□ 0.95
PTPRA-201ENST00000216877 MSH5O43196 834 aa20.96■□□□□ 0.95
PTPRA-201ENST00000216877 RTN4Q9NQC3 1192 aaKnown RBP20.94■□□□□ 0.94
PTPRA-201ENST00000216877 PRDM2Q13029 1718 aa20.92■□□□□ 0.94
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PTPRA-201ENST00000216877 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP20.83■□□□□ 0.92
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PTPRA-201ENST00000216877 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP20.66■□□□□ 0.9
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PTPRA-201ENST00000216877 SYNJ1O43426 1573 aa20.53■□□□□ 0.88
PTPRA-201ENST00000216877 FANCIQ9NVI1 1328 aa20.53■□□□□ 0.88
PTPRA-201ENST00000216877 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP20.52■□□□□ 0.87
PTPRA-201ENST00000216877 CEP162Q5TB80 1403 aa20.48■□□□□ 0.87
PTPRA-201ENST00000216877 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP20.47■□□□□ 0.87
PTPRA-201ENST00000216877 NOP58Q9Y2X3 529 aaKnown RBP20.46■□□□□ 0.87
PTPRA-201ENST00000216877 TOP2BQ02880 1626 aa20.41■□□□□ 0.86
PTPRA-201ENST00000216877 ANP32CO43423 234 aa20.39■□□□□ 0.85
PTPRA-201ENST00000216877 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP20.39■□□□□ 0.85
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