Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 OGG1-213ENST00000429146 747 ntTSL 313.59□□□□□ -0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLM-206ENST00000430942 2561 ntTSL 213.58□□□□□ -0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-213ENST00000455531 4867 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-211ENST00000438681 1395 ntTSL 513.57□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-281ENST00000640963 1267 ntTSL 513.55□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FRMD4A-207ENST00000492155 2731 ntTSL 213.55□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC7B-205ENST00000554654 1847 ntTSL 313.55□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNU13-203ENST00000401959 1670 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.54□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 G6PD-208ENST00000489497 512 ntTSL 213.54□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HDAC3-204ENST00000469207 829 ntTSL 313.54□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS13D-205ENST00000473099 461 ntTSL 213.53□□□□□ -0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-272ENST00000640460 1736 ntTSL 513.51□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBWD2-205ENST00000456188 1436 ntTSL 1 (best)13.51□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-207ENST00000468231 2499 ntTSL 213.5□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AIMP2-201ENST00000223029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-204ENST00000379111 1718 ntTSL 513.49□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UXS1-205ENST00000436241 502 ntTSL 413.46□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX27-204ENST00000484427 4929 ntTSL 1 (best)13.46□□□□□ -0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-214ENST00000519709 1726 ntTSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRPF4-201ENST00000374198 2787 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-209ENST00000550120 477 ntTSL 413.45□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AQP3-204ENST00000493581 2911 ntTSL 213.45□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPHP3-ACAD11-201ENST00000471702 7784 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CASC4-202ENST00000345795 3764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-202ENST00000336174 2255 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYTH1-203ENST00000585509 3315 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FKBP1A-201ENST00000381715 705 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPHP4-203ENST00000378169 4213 ntTSL 1 (best)13.41□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KYAT3-202ENST00000370486 1019 ntTSL 513.4□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SHOC2-202ENST00000369452 3943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-216ENST00000623185 786 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FANCA-229ENST00000567988 915 ntTSL 513.39□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AVIL-206ENST00000549851 2735 ntTSL 213.38□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLOD3-201ENST00000223127 2920 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ASXL1-201ENST00000306058 6591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBC1D10A-207ENST00000462073 5562 ntTSL 213.37□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAP130-204ENST00000424298 849 ntTSL 213.37□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF530-202ENST00000597700 469 ntTSL 213.36□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PCYOX1-202ENST00000414812 957 ntTSL 313.35□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KANSL3-203ENST00000418735 594 ntTSL 413.35□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ANKRD52-201ENST00000267116 8688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CCDC144NL-AS1-216ENST00000582583 1670 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-207ENST00000411744 2031 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.278e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GOPC-202ENST00000368498 4450 ntTSL 1 (best) BASIC13.33□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PITPNM2-205ENST00000535289 539 ntTSL 213.32□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-209ENST00000505378 934 ntTSL 213.32□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZC3HC1-203ENST00000360708 1676 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-218ENST00000614449 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.31□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAF3IP2-AS1-210ENST00000532353 576 ntTSL 213.3□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOMM40L-205ENST00000470426 845 ntTSL 513.3□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACCS-203ENST00000526577 907 ntTSL 313.29□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NARS2-207ENST00000529880 755 ntTSL 313.29□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC4A7-203ENST00000425128 7970 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C17orf53-204ENST00000588073 760 ntTSL 213.28□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-205ENST00000526841 508 ntTSL 413.28□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CASC4-201ENST00000299957 3962 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DGKD-213ENST00000490764 2902 ntTSL 1 (best)13.27□□□□□ -0.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SDHA-209ENST00000509082 434 ntTSL 513.26□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED20-204ENST00000409312 932 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SDHA-219ENST00000515815 704 ntTSL 313.26□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-249ENST00000639034 1597 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHKA-203ENST00000525155 1201 ntTSL 513.25□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUB1-202ENST00000460712 664 ntTSL 213.24□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-201ENST00000241001 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-202ENST00000483895 660 ntTSL 313.23□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-210ENST00000416333 396 ntTSL 1 (best)13.22□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-247ENST00000638965 979 ntTSL 5 BASIC13.22□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RHPN2-204ENST00000588388 2378 ntTSL 213.22□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-253ENST00000640979 2086 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.298e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLGN3-206ENST00000612180 3319 ntTSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-202ENST00000398461 3452 ntTSL 1 (best)13.2□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-203ENST00000477813 1945 ntTSL 5 BASIC13.2□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK494-207ENST00000527863 598 ntTSL 213.19□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HNRNPUL1-218ENST00000601309 672 ntTSL 513.19□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GDPD5-206ENST00000527820 3211 ntTSL 1 (best)13.19□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ADCK1-202ENST00000341211 1972 ntTSL 2 BASIC13.18□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAF3IP2-AS1-202ENST00000438298 1106 ntTSL 213.17□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-212ENST00000541619 560 ntTSL 4 BASIC13.17□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PSMD13-209ENST00000529372 612 ntTSL 513.16□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRPF4-202ENST00000374199 3212 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C6orf163-203ENST00000608326 2110 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-201ENST00000323926 8708 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.38e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TAZ-209ENST00000483674 267 ntTSL 1 (best)13.14□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYH9-203ENST00000456729 449 ntTSL 313.14□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 INPP5D-204ENST00000445964 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENOX2-204ENST00000394363 4174 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-201ENST00000317447 3664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C19orf12-208ENST00000614091 4489 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.14□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EXOC7-205ENST00000405575 2208 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HEXA-209ENST00000567159 1582 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-214ENST00000542584 541 ntTSL 413.13□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF33A-207ENST00000478556 539 ntTSL 313.13□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIAS2-201ENST00000324794 4543 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC124944.3-201ENST00000607976 1304 ntBASIC13.11□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNASE1L1-201ENST00000014935 2652 ntAPPRIS P1 TSL 213.11□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RBM19-201ENST00000261741 4194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-238ENST00000638755 1161 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CERK-203ENST00000460254 434 ntTSL 213.11□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MNAT1-203ENST00000553354 277 ntTSL 213.1□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL513165.2-203ENST00000537239 717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.318e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1069.6 ms