Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RCN1-210ENST00000532942 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SLC35F5-201ENST00000245680 4412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TAF8-204ENST00000456846 1293 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RASAL2-AS1-202ENST00000421505 2329 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms