Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 STK33P1-201ENST00000423835 1218 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AC244517.3-201ENST00000616254 1235 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM35Q9UPQ4 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SYT12-203ENST00000525457 1678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM35Q9UPQ4 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms