Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PDXP-202ENST00000403251 1571 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 LINC01979-201ENST00000576738 5271 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SCLT1-205ENST00000503401 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP4AQ9BY43 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms