Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.24■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC32.23■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC32.22■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC32.2■■■□□ 2.75
CCDC9Q9Y3X0 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC32.15■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
CCDC9Q9Y3X0 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC32.13■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC32.12■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC32.11■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CCDC9Q9Y3X0 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC32.04■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.02■■■□□ 2.72
CCDC9Q9Y3X0 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms