Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC87Q9NVE4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC87Q9NVE4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.61■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC30.6■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.58■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.49
CCDC87Q9NVE4 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.56■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.55■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
CCDC87Q9NVE4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms