Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGB4Q8WW32 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGB4Q8WW32 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGB4Q8WW32 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HMGB4Q8WW32 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms