Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CHD3Q12873 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHD3Q12873 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CHD3Q12873 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
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