Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NEK3P51956 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEK3P51956 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEK3P51956 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEK3P51956 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEK3P51956 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEK3P51956 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEK3P51956 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEK3P51956 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEK3P51956 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEK3P51956 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEK3P51956 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEK3P51956 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEK3P51956 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEK3P51956 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEK3P51956 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEK3P51956 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEK3P51956 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEK3P51956 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEK3P51956 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NEK3P51956 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
NEK3P51956 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NEK3P51956 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NEK3P51956 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
NEK3P51956 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
NEK3P51956 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
NEK3P51956 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
NEK3P51956 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
NEK3P51956 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NEK3P51956 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NEK3P51956 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NEK3P51956 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NEK3P51956 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
NEK3P51956 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NEK3P51956 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NEK3P51956 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NEK3P51956 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NEK3P51956 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NEK3P51956 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NEK3P51956 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
NEK3P51956 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
NEK3P51956 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NEK3P51956 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NEK3P51956 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
NEK3P51956 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NEK3P51956 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NEK3P51956 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms