Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL9A1P20849 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL9A1P20849 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
COL9A1P20849 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.82■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
COL9A1P20849 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.6 ms