Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 FADS3-207ENST00000527697 1640 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AL031283.3-201ENST00000439788 727 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms