Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SEC14L1-222ENST00000588880 553 ntTSL 218.56■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NFKBID-208ENST00000590828 1552 ntTSL 1 (best)18.54■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATXN1L-203ENST00000569119 428 ntTSL 518.52■□□□□ 0.568e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRDMT1-208ENST00000479046 711 ntTSL 318.5■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NBAS-202ENST00000417461 1330 ntTSL 218.5■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-211ENST00000550779 2099 ntTSL 518.49■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RIPOR1-208ENST00000562755 538 ntTSL 418.48■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDX19A-205ENST00000562509 564 ntTSL 218.47■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-213ENST00000641272 758 nt18.46■□□□□ 0.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FDX2-204ENST00000460631 777 ntTSL 518.45■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYO9B-205ENST00000594971 461 ntTSL 518.44■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLGN3-203ENST00000395855 1862 ntTSL 1 (best)18.43■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SACM1L-214ENST00000478586 534 ntTSL 418.42■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HAUS5-209ENST00000592291 526 ntTSL 318.4■□□□□ 0.548e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-212ENST00000508490 544 ntTSL 418.37■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C15orf41-206ENST00000564586 524 ntTSL 418.36■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-215ENST00000591057 561 ntTSL 418.35■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CRTC2-206ENST00000476883 467 ntTSL 518.34■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF166-205ENST00000562544 502 ntTSL 518.34■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLYWCH1-212ENST00000574985 2318 ntTSL 218.34■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLCG2-215ENST00000569929 1051 ntTSL 318.33■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AP1G1-206ENST00000563259 844 ntTSL 418.33■□□□□ 0.538e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MRPS23-204ENST00000579768 706 ntTSL 1 (best)18.32■□□□□ 0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP3-210ENST00000566162 699 ntTSL 318.3■□□□□ 0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.528e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-209ENST00000488299 1620 ntTSL 218.26■□□□□ 0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.518e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNK2-206ENST00000424563 726 ntTSL 218.21■□□□□ 0.514e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.56e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.56e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HK1-209ENST00000470050 314 ntTSL 518.18■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-228ENST00000533333 6173 ntTSL 218.18■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPTN-208ENST00000565282 1247 ntTSL 1 (best)18.17■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLD3-220ENST00000599353 332 ntTSL 318.16■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.58e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAB5C-209ENST00000552162 551 ntTSL 418.14■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR46-234ENST00000468157 760 ntTSL 518.14■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL356599.1-203ENST00000627375 731 ntTSL 1 (best)18.13■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL356599.1-209ENST00000587540 661 ntTSL 518.13■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL356599.1-208ENST00000591489 653 ntTSL 518.13■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTCL1-213ENST00000522592 570 ntTSL 418.11■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-229ENST00000396342 675 ntTSL 318.1■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-256ENST00000505066 556 ntTSL 418.1■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-263ENST00000508317 538 ntTSL 418.1■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1orf159-214ENST00000473600 793 ntTSL 318.09■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.498e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HCLS1-212ENST00000497391 533 ntTSL 418.03■□□□□ 0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC004997.1-202ENST00000434987 1811 ntTSL 218.03■□□□□ 0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KLHDC4-210ENST00000562913 875 ntTSL 318.02■□□□□ 0.488e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HYOU1-215ENST00000543287 2464 ntTSL 218■□□□□ 0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UBAC2-209ENST00000474510 853 ntTSL 217.98■□□□□ 0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HUWE1-201ENST00000218328 5488 ntTSL 517.97■□□□□ 0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.478e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COL9A3-208ENST00000469802 680 ntTSL 217.96■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HCLS1-208ENST00000487290 1078 ntTSL 217.96■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-219ENST00000522618 954 ntTSL 217.94■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FRMD4A-202ENST00000342409 1741 ntTSL 217.92■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APEH-205ENST00000447436 963 ntTSL 517.9■□□□□ 0.468e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-218ENST00000532948 1581 ntTSL 317.89■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABHD2-206ENST00000565825 583 ntTSL 317.89■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MPRIP-209ENST00000466186 880 ntTSL 517.87■□□□□ 0.458e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1492 ms