Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CACNA1G-201ENST00000352832 7848 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC14.47□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
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CHD3Q12873 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.09
CHD3Q12873 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.46□□□□□ -0.1
CHD3Q12873 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC14.46□□□□□ -0.1
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