Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CARD14-202ENST00000570421 2607 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AL732314.6-201ENST00000627721 484 ntTSL 4 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 BTN1A1-202ENST00000613186 2266 ntTSL 2 BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
LIG1P18858 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
LIG1P18858 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms