Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USH1CQ9Y6N9 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.7■■□□□ 1.39
USH1CQ9Y6N9 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USH1CQ9Y6N9 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.3 ms