RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000331462.5

HOXD1-201, Transcript of homeobox D1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene HOXD1, Length 1,975 nt, Biotype protein coding.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD1-201ENST00000331462 NISCHQ9Y2I1 1504 aa46.9■■■■■ 5.1
HOXD1-201ENST00000331462 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa40.04■■■■■ 4
HOXD1-201ENST00000331462 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP39.77■■■■□ 3.96
HOXD1-201ENST00000331462 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa39.54■■■■□ 3.92
HOXD1-201ENST00000331462 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP38.82■■■■□ 3.81
HOXD1-201ENST00000331462 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa38.73■■■■□ 3.79
HOXD1-201ENST00000331462 DCAF8L2P0C7V8 631 aa38.19■■■■□ 3.7
HOXD1-201ENST00000331462 CHIC1Q5VXU3 224 aa38.05■■■■□ 3.68
HOXD1-201ENST00000331462 MYO15BQ96JP2 1530 aa37.95■■■■□ 3.67
HOXD1-201ENST00000331462 ABCC9O60706 1549 aa37.56■■■■□ 3.6
HOXD1-201ENST00000331462 SCRIBQ14160 1630 aa37.18■■■■□ 3.54
HOXD1-201ENST00000331462 HRCP23327 699 aa37.1■■■■□ 3.53
HOXD1-201ENST00000331462 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP37.07■■■■□ 3.53
HOXD1-201ENST00000331462 NACADO15069 1562 aa36.9■■■■□ 3.5
HOXD1-201ENST00000331462 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa36.8■■■■□ 3.48
HOXD1-201ENST00000331462 PCGF6Q9BYE7 350 aa36.78■■■■□ 3.48
HOXD1-201ENST00000331462 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa36.69■■■■□ 3.46
HOXD1-201ENST00000331462 CECR2Q9BXF3 1484 aa36.39■■■■□ 3.42
HOXD1-201ENST00000331462 MROH2BQ7Z745 1585 aa36.36■■■■□ 3.41
HOXD1-201ENST00000331462 TRIM41Q8WV44 630 aa36.32■■■■□ 3.4
HOXD1-201ENST00000331462 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP36.29■■■■□ 3.4
HOXD1-201ENST00000331462 WIZO95785 1651 aa36.15■■■■□ 3.38
HOXD1-201ENST00000331462 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP36.14■■■■□ 3.38
HOXD1-201ENST00000331462 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP36■■■■□ 3.35
HOXD1-201ENST00000331462 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP35.97■■■■□ 3.35
HOXD1-201ENST00000331462 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP35.78■■■■□ 3.32
HOXD1-201ENST00000331462 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP35.76■■■■□ 3.31
HOXD1-201ENST00000331462 SMARCA4P51532 1647 aa35.71■■■■□ 3.31
HOXD1-201ENST00000331462 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP35.67■■■■□ 3.3
HOXD1-201ENST00000331462 UNC13AQ9UPW8 1703 aa35.62■■■■□ 3.29
HOXD1-201ENST00000331462 SMARCA2P51531 1590 aa35.52■■■■□ 3.28
HOXD1-201ENST00000331462 CCDC88BA6NC98 1476 aa35.46■■■■□ 3.27
HOXD1-201ENST00000331462 ABCC8Q09428 1581 aa35.3■■■■□ 3.24
HOXD1-201ENST00000331462 EHMT2Q96KQ7 1210 aa35.25■■■■□ 3.23
HOXD1-201ENST00000331462 BICRAQ9NZM4 1560 aa35.19■■■■□ 3.22
HOXD1-201ENST00000331462 PEG3Q9GZU2 1588 aa35.18■■■■□ 3.22
HOXD1-201ENST00000331462 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP35.16■■■■□ 3.22
HOXD1-201ENST00000331462 EEA1Q15075 1411 aa35.14■■■■□ 3.22
HOXD1-201ENST00000331462 TNIKQ9UKE5 1360 aa35■■■■□ 3.19
HOXD1-201ENST00000331462 SOGA1O94964 1423 aa34.99■■■■□ 3.19
HOXD1-201ENST00000331462 CEP162Q5TB80 1403 aa34.97■■■■□ 3.19
HOXD1-201ENST00000331462 CSRNP3Q8WYN3 585 aa34.81■■■■□ 3.16
HOXD1-201ENST00000331462 GOLGA3Q08378 1498 aa34.78■■■■□ 3.16
HOXD1-201ENST00000331462 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP34.77■■■■□ 3.16
HOXD1-201ENST00000331462 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa34.77■■■■□ 3.16
HOXD1-201ENST00000331462 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa34.71■■■■□ 3.15
HOXD1-201ENST00000331462 SYNJ1O43426 1573 aa34.66■■■■□ 3.14
HOXD1-201ENST00000331462 KIF21BO75037 1637 aa34.65■■■■□ 3.14
HOXD1-201ENST00000331462 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP34.59■■■■□ 3.13
HOXD1-201ENST00000331462 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP34.59■■■■□ 3.13
HOXD1-201ENST00000331462 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.59■■■■□ 3.13
HOXD1-201ENST00000331462 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP34.58■■■■□ 3.13
HOXD1-201ENST00000331462 UBTFP17480 764 aaKnown RBP34.51■■■■□ 3.11
HOXD1-201ENST00000331462 TOP2BQ02880 1626 aa34.33■■■■□ 3.09
HOXD1-201ENST00000331462 CLIP1P30622 1438 aa34.29■■■■□ 3.08
HOXD1-201ENST00000331462 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa34.26■■■■□ 3.08
HOXD1-201ENST00000331462 VPS8Q8N3P4 1428 aa34.24■■■■□ 3.07
HOXD1-201ENST00000331462 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP34.22■■■■□ 3.07
HOXD1-201ENST00000331462 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa34.19■■■■□ 3.06
HOXD1-201ENST00000331462 HMGXB3Q12766 1538 aa34.18■■■■□ 3.06
HOXD1-201ENST00000331462 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP34.12■■■■□ 3.05
HOXD1-201ENST00000331462 ERICH3Q5RHP9 1530 aa34.1■■■■□ 3.05
HOXD1-201ENST00000331462 NCAPD3P42695 1498 aa34.09■■■■□ 3.05
HOXD1-201ENST00000331462 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP34.01■■■■□ 3.03
HOXD1-201ENST00000331462 PRXQ9BXM0 1461 aa34■■■■□ 3.03
HOXD1-201ENST00000331462 CUX1P39880 1505 aa33.88■■■■□ 3.01
HOXD1-201ENST00000331462 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP33.86■■■■□ 3.01
HOXD1-201ENST00000331462 APLP2Q06481 763 aa33.83■■■■□ 3.01
HOXD1-201ENST00000331462 CFTRP13569 1480 aa33.83■■■■□ 3.01
HOXD1-201ENST00000331462 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP33.81■■■■□ 3
HOXD1-201ENST00000331462 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP33.79■■■■□ 3
HOXD1-201ENST00000331462 ARAP1Q96P48 1450 aa33.79■■■■□ 3
HOXD1-201ENST00000331462 KIF27Q86VH2 1401 aa33.75■■■□□ 2.99
HOXD1-201ENST00000331462 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP33.74■■■□□ 2.99
HOXD1-201ENST00000331462 PRDM2Q13029 1718 aa33.7■■■□□ 2.99
HOXD1-201ENST00000331462 NEUROD1Q13562 356 aa33.7■■■□□ 2.99
HOXD1-201ENST00000331462 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP33.69■■■□□ 2.98
HOXD1-201ENST00000331462 CLSPNQ9HAW4 1339 aa33.58■■■□□ 2.97
HOXD1-201ENST00000331462 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP33.51■■■□□ 2.96
HOXD1-201ENST00000331462 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP33.51■■■□□ 2.95
HOXD1-201ENST00000331462 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa33.47■■■□□ 2.95
HOXD1-201ENST00000331462 CUX2O14529 1486 aa33.42■■■□□ 2.94
HOXD1-201ENST00000331462 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP33.4■■■□□ 2.94
HOXD1-201ENST00000331462 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP33.39■■■□□ 2.94
HOXD1-201ENST00000331462 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa33.34■■■□□ 2.93
HOXD1-201ENST00000331462 CADPSQ9ULU8 1353 aa33.34■■■□□ 2.93
HOXD1-201ENST00000331462 MAP3K1Q13233 1512 aa33.32■■■□□ 2.93
HOXD1-201ENST00000331462 IGF1RP08069 1367 aa33.31■■■□□ 2.92
HOXD1-201ENST00000331462 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa33.25■■■□□ 2.91
HOXD1-201ENST00000331462 CCNB3Q8WWL7 1395 aa33.24■■■□□ 2.91
HOXD1-201ENST00000331462 FGD5Q6ZNL6 1462 aa33.23■■■□□ 2.91
HOXD1-201ENST00000331462 MIER1Q8N108 512 aa33.22■■■□□ 2.91
HOXD1-201ENST00000331462 TIAM1Q13009 1591 aa33.19■■■□□ 2.9
HOXD1-201ENST00000331462 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa33.15■■■□□ 2.9
HOXD1-201ENST00000331462 CFAP43Q8NDM7 1665 aa33.02■■■□□ 2.88
HOXD1-201ENST00000331462 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa33.02■■■□□ 2.88
HOXD1-201ENST00000331462 FHAD1B1AJZ9 1412 aa33.01■■■□□ 2.88
HOXD1-201ENST00000331462 FANCD2Q9BXW9 1451 aa33.01■■■□□ 2.87
HOXD1-201ENST00000331462 DNMBPQ6XZF7 1577 aa33■■■□□ 2.87
HOXD1-201ENST00000331462 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP32.98■■■□□ 2.87
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