Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
ATG4BQ9Y4P1 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
ATG4BQ9Y4P1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
ATG4BQ9Y4P1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
ATG4BQ9Y4P1 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms