Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZ43

USE1, Vesicle transport protein USE1, humanhuman

Predictions only

Length 259 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USE1Q9NZ43 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
USE1Q9NZ43 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USE1Q9NZ43 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USE1Q9NZ43 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms