Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP53Q70EK8 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP53Q70EK8 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP53Q70EK8 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.4 ms