Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SCN1BQ07699 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SCN1BQ07699 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms