Protein–RNA interactions for Protein: P20908

COL5A1, Collagen alpha-1(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,838 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A1P20908 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A1P20908 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
COL5A1P20908 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
COL5A1P20908 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms