Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
TNFP01375 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TNFP01375 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
TNFP01375 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
TNFP01375 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TNFP01375 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TNFP01375 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TNFP01375 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TNFP01375 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
TNFP01375 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
TNFP01375 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
TNFP01375 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TNFP01375 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TNFP01375 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TNFP01375 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TNFP01375 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TNFP01375 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TNFP01375 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TNFP01375 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TNFP01375 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TNFP01375 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TNFP01375 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TNFP01375 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
TNFP01375 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TNFP01375 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TNFP01375 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TNFP01375 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TNFP01375 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TNFP01375 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TNFP01375 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
TNFP01375 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TNFP01375 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TNFP01375 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TNFP01375 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TNFP01375 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TNFP01375 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TNFP01375 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TNFP01375 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TNFP01375 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TNFP01375 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 173.3 ms