Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC42.55■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.54■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.54■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.53■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC42.53■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.52■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.52■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC42.52■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.52■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.51■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC42.51■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC42.51■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC42.51■■■■■ 4.4
CCDC88BA6NC98 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC42.5■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC42.49■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.49■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC42.49■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC42.49■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.49■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.48■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC42.46■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC42.46■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC42.45■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC42.45■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
CCDC88BA6NC98 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.44■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC42.44■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC42.44■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.44■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC42.43■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC42.42■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.41■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC42.41■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.4■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.4■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC42.39■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC42.39■■■■■ 4.38
CCDC88BA6NC98 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC42.37■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.36■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC42.36■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC42.36■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC42.35■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC42.32■■■■■ 4.37
CCDC88BA6NC98 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC42.31■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.3■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC42.29■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC42.28■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC42.28■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC42.28■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC42.27■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC42.27■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC42.27■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.26■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.26■■■■■ 4.36
CCDC88BA6NC98 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC42.25■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC42.25■■■■■ 4.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms