Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXC9P31274 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SEPT8-205ENST00000378701 1817 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL109910.2-201ENST00000607733 1953 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms