Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PRRT4-201ENST00000446477 3544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC14.65□□□□□ -0.06
CHD3Q12873 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.65□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC14.65□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 C5orf30-201ENST00000319933 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC14.64□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
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