Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 EPB41L3-207ENST00000545076 3190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 COTL1-203ENST00000564057 1677 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 FAM174B-201ENST00000327355 2792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HIF3AQ9Y2N7 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms