Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 GHRHR-205ENST00000409904 1613 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.74□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TMEM127-202ENST00000432959 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
CHD3Q12873 ERCC1-212ENST00000591636 836 ntTSL 2 BASIC14.73□□□□□ -0.05
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