Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ERICH4-201ENST00000378187 946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 C21orf91-202ENST00000400558 1090 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 LY6E-211ENST00000521699 1256 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 AL512604.3-201ENST00000569583 964 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SCN1BQ07699 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms