Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TFAP2D-201ENST00000008391 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ADRA1A-206ENST00000380586 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms