Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 EGLN1-201ENST00000366641 7097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC092329.2-201ENST00000598402 547 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
HIF3AQ9Y2N7 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms