Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC32.71■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC32.71■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.83
CCDC9Q9Y3X0 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC32.59■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC32.59■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC32.54■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC32.54■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC32.52■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.8
CCDC9Q9Y3X0 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC32.5■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC32.47■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC32.46■■■□□ 2.79
CCDC9Q9Y3X0 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 143.4 ms