Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
RPUSD4Q96CM3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
RPUSD4Q96CM3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC18.93■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC18.9■□□□□ 0.62
RPUSD4Q96CM3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms