Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SHMT1P34896 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SHMT1P34896 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
SHMT1P34896 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHMT1P34896 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms