Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
HOXC9P31274 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC32.61■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.61■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.59■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.59■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC32.58■■■□□ 2.81
HOXC9P31274 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC32.57■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC32.56■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC32.54■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.53■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.53■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.53■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.52■■■□□ 2.8
HOXC9P31274 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC32.51■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC32.51■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC32.51■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC32.5■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.49■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC32.49■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.48■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.46■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
HOXC9P31274 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC32.42■■■□□ 2.78
HOXC9P31274 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms