Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX1P28360 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSX1P28360 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX1P28360 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX1P28360 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX1P28360 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX1P28360 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX1P28360 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX1P28360 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX1P28360 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX1P28360 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX1P28360 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX1P28360 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX1P28360 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX1P28360 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX1P28360 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX1P28360 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX1P28360 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
MSX1P28360 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
MSX1P28360 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
MSX1P28360 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX1P28360 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX1P28360 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
MSX1P28360 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX1P28360 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX1P28360 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
MSX1P28360 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
MSX1P28360 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.11
MSX1P28360 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
MSX1P28360 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.8 ms