Protein–RNA interactions for Protein: P02649

APOE, Apolipoprotein E, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
APOEP02649 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
APOEP02649 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
APOEP02649 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
APOEP02649 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
APOEP02649 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
APOEP02649 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
APOEP02649 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
APOEP02649 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
APOEP02649 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
APOEP02649 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
APOEP02649 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
APOEP02649 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
APOEP02649 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
APOEP02649 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
APOEP02649 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
APOEP02649 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
APOEP02649 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
APOEP02649 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
APOEP02649 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
APOEP02649 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
APOEP02649 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
APOEP02649 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
APOEP02649 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
APOEP02649 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
APOEP02649 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
APOEP02649 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
APOEP02649 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
APOEP02649 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
APOEP02649 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
APOEP02649 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
APOEP02649 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
APOEP02649 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
APOEP02649 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
APOEP02649 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
APOEP02649 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
APOEP02649 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
APOEP02649 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
APOEP02649 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
APOEP02649 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
APOEP02649 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
APOEP02649 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
APOEP02649 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
APOEP02649 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
APOEP02649 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
APOEP02649 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
APOEP02649 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
APOEP02649 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
APOEP02649 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
APOEP02649 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
APOEP02649 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
APOEP02649 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
APOEP02649 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
APOEP02649 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
APOEP02649 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
APOEP02649 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
APOEP02649 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
APOEP02649 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
APOEP02649 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
APOEP02649 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
APOEP02649 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
APOEP02649 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
APOEP02649 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
APOEP02649 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
APOEP02649 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
APOEP02649 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
APOEP02649 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms