Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SHOX2O60902 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SHOX2O60902 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SHOX2O60902 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SHOX2O60902 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms