Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41-205ENST00000373797 2402 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.86
LIMCH1Q9UPQ0 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 DRAXINP1-201ENST00000437611 948 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AP002383.4-201ENST00000442518 975 ntBASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms