Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC20■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SNHG7-203ENST00000436596 509 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms