Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CUX1P39880 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CUX1P39880 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CUX1P39880 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CUX1P39880 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CUX1P39880 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
CUX1P39880 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
CUX1P39880 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.2
CUX1P39880 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
CUX1P39880 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CUX1P39880 WSCD1-209ENST00000574232 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CUX1P39880 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CUX1P39880 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms