Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 LAT-203ENST00000395456 1616 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL3A1P02461 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms