Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC31.8■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC31.79■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.79■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.78■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC31.77■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC31.77■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.68
ATG3Q9NT62 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.76■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC31.76■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.75■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.74■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.73■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.72■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC31.7■■■□□ 2.67
ATG3Q9NT62 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC31.69■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC31.64■■■□□ 2.66
ATG3Q9NT62 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.63■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC31.63■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.62■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC31.61■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC31.59■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
ATG3Q9NT62 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.58■■■□□ 2.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms