Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00643Q86TS7 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
LINC00643Q86TS7 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
LINC00643Q86TS7 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms