Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP53Q70EK8 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
USP53Q70EK8 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
USP53Q70EK8 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms